Sechs Monate sind seit den Geschehnissen auf dem Planeten Aether vergangen. Der Netzwerkcomputer der galaktischen Federation ist von einem Virus befallen. Sie sind sich sicher die Piraten hätten was mit der Sache am Hut und kontaktieren deshalb Samus Aran. Als sie die Situation der Kopfgeldjägerin schildern, werden sie plötzlich von Piraten angegriffen. Auf ihrer Suche nach den Missetätern trifft die Heldin auf die totgeglaubte Dark Samus. Das Abenteuer beginnt aufs Neue!